Borneo FC U20 er et indonesisk fotballag for spillere under 20 år som holder til i Samarinda i provinsen Øst-Kalimantan. Laget ble grunnlagt i 2016 og spiller sine hjemmekamper på Segiri-stadion.

Borneo FC U20 deltar i Liga 1 U-20, den øverste ligaen for ungdomsfotball i Indonesia. Laget har en sterk ungdomsakademi og har produsert flere spillere som har gått videre til A-laget til Borneo FC og andre klubber i den indonesiske ligaen.

I 2022-sesongen endte Borneo FC U20 på 6. plass i Liga 1 U-20. Noen av de mest lovende spillerne i laget inkluderer midtbanespilleren M. Hidayatulloh og spissen A. Rizky.

Borneo FC U20 ledes av trener Fachry Husaini, en tidligere indonesisk landslagsspiller. Laget er kjent for sin offensive spillestil og evne til å score mål.