Melbourne City FC U21 er et australsk fotballag som spiller i National Youth League, den øverste divisjonen for fotball på ungdomsnivå i Australia. Laget er en del av Melbourne City FC, som spiller i A-League, den øverste divisjonen for fotball i Australia.

Melbourne City FC U21 ble etablert i 2010 og har siden den gang vært en av de mest suksessrike klubbene i National Youth League. Laget har vunnet ligaen to ganger, i 2014 og 2016, og har også vunnet Grand Final i 2014.

Melbourne City FC U21 har også representert Australia i AFC Youth Champions League, en kontinental konkurranse for ungdomslag i Asia. Laget har nådd kvartfinalen to ganger, i 2015 og 2017.

Noen av de mest kjente spillerne som har spilt for Melbourne City FC U21 inkluderer Daniel Arzani, Aaron Mooy og Mathew Leckie.