FC Ajoie-Monterri er et schweizisk fodboldhold, der spiller i Promotion League, den tredjebedste række i schweizisk fodbold. Klubben blev stiftet i 2006 ved en fusion af FC Ajoie fra Porrentruy og FC Moutier fra Moutier. Hjemmebanen er Stade de la Blancherie i Porrentruy.

FC Ajoie-Monterri har aldrig spillet i den schweiziske topliga. Klubbens bedste placering i den næstbedste række er en andenplads i sæsonen 2012/13. I den schweiziske pokalturnering, Schweizer Cup, har klubben nået kvartfinalen to gange, i 2012 og 2013.

Nogle af de mest kendte spillere, der har spillet for FC Ajoie-Monterri, er den tidligere schweiziske landsholdsspiller Johann Lonfat og den tidligere franske landsholdsspiller Vikash Dhorasoo.